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Em 1972, havia um estudante chamado Misaki na escola Yomiyama sala 3-3. Um estudante honorário que também era bom em esportes, Misaki era muito popular entre seus colegas e até os professores tinham afeição por ele. Quando Misaki morre inesperadamente, a classe 3-3 decide continuar agindo como se ele ainda estivesse vivo. Contudo, quando a foto da graduação da sala foi tirada, eles viram na foto alguém que não deveria estar lá — Misaki.

Na primavera de 1998, o estudante do nono ano, Sakakibara Kouichi, 15 anos, se muda de Tokyo para Yomiyama, a cidade natal de sua mãe, devido a seu pai ter ido trabalhar na Índia. Sua transferência foi para a escola Yomiyama classe 3-3. Por causa de um Pneumotórax Kouichi teve que ser hospitalizado bem quando as aulas iriam começar. Durante sua hospitalização os representantes de sala: Kazami Tomohiko, Akazawa Izumi e Sakuragi Yukari o visitam. Antes que ele fosse liberado, Kouichi conhece no elevador uma garota vestida com o mesmo uniforme de sua escola e um tapa-olho. Ela vai até o subsolo do hospital, onde é localizado o necrotério, dizendo que ela precisa entregar algo à sua "outra metade". Seu nome: Misaki Mei.

Kouichi finalmente começa a frequentar as aulas e tenta se adaptar, mas não consegue deixar de notar o comportamento estranho de seus colegas. Mei, a garota que conheceu no hospital, pertence à mesma classe mas sua mesa parece velha e diferente do resto. Ela está sempre sozinha e ninguém parece se importar com sua presença ou tentar falar com ela. Inicialmente Kouichi imagina que seria um caso de Bullying, mas percebe que até os funcionários e professores da escola agem da mesma forma. Ele também nota que a sua classe é a única que pratica educação física separada (no Japão normalmente se praticam várias classes misturadas). Kouichi questiona sua tia Reiko e seus novos amigos Tomohiko e Teshigawara sobre Mei, no entanto, eles simplesmente o avisam para que "pare de andar por aí com alguém que não existe". Sua tia também o introduz as lendas urbanas e às "regras" da sala 3-3. Enquanto isso, misteriosas mortes acontecem. Ele passa a saber sobre o "Incidente Misaki" há 26 anos atrás em 1972 e também descobre que, na mesma época, sua mãe foi estudante nesta mesma classe.

Com o clima ficando sombrio ao seu redor, Kouichi e seus amigos tentam descobrir a história por trás do incidente de 1972 e a "calamidade" que assombra a classe 3-3 desde então.